Prvá, nesúca názov Záhorská, vedie od Devína cez Zohor, Malacky, Šaštín – Stráže, Holíč a Skalicu do Senice .Jej cieľom je ponúknuť návštevníkom možnosť spoznania najzaujímavejších miest nášho regiónu. Druhá cyklomagistrála je plánovaná pre tých, ktorý dávajú prednosť jazde mimo cestnej premávky. Vedie popri rieke Morave od Holíča po Moravský Sv.Ján, kde sa napája na už vyznačenú Moravskú cyklocestu. Tretia cyklomagistrála, s názvom Kopaničiarska, v Senici nadväzuje na Záhorskú cyklomagistrálu a je spojnicou medzi Záhorím a Považím. Štvrtou magistrálou je takzvaná Malokarpatská, ako už napovedá jej názov, vinie sa úpätím Malých Karpát z Vysokej pri Morave cez Lozorno do Plaveckého Petra a cez Bukovú do Trstína.

Uvedené magistrály, ako aj ďalšie obce Záhoria sú pospájané viacerými kratšími cyklocestami. Ich značenie je podobne ako známe pásové turistické značenie na slovenských a českých horách štvorfarebné. Farebný pás však nahrádza písmeno “C”. Tieto maľované značky sa umiestňujú v mestách a obciach zväčša na betónové elektrické stĺpy, stĺpy osvetlenia, prípadne na betónové pätky drevených telegrafných stĺpov, mimo obcí tiež na stromy lemujúce cesty. Maľovaná značka by mala byť všade tam, kde by mohol mať cyklista pochybnosti o smere pokračovania trasy, t.j. na križovatkách a zjazdoch na poľné či lesné cesty. Na križovatkách jednotlivých trás, odbočkách a orientačne významných miestach sú osadené smerovky s vyznačením jedného alebo dvoch cieľov s udaním ich vzdialenosti v kilometroch.