Príroda Záhoria je veľmi pestrá. Tri chránené krajinné oblasti Záhorie, Malé Karpaty a Biele Karpaty, národné prírodné rezervácie a chránené územia tvoria základ bohatej ponuky. Nechýbajú v nej horské lúky, borovicové lesy, pieskovcové skaly, viete piesky, ale v neposlednom rade rieky, potoky, vodné nádrže, štrkoviská, rybníky a vlhké lužné lesy.

Osová časť je tvorená nížinnou chránenou krajinnou oblasťou  CHKO Záhorie. Reliéf tvoria presypové valy, vetrom zvlnené pokrovy, bachrany, oblé presypy a duny polmesiačikovitého tvaru.

Východná časť zastupuje Chránená krajinná oblasť Malé Karpaty jediné veľkoplošné chránené územie vinohradníckeho charakteru. Hrebene Karpát zároveň oddeľujú región od Slovenka.

V severnej časti karpatského oblúka na česko-slovenskom pomedzí výrazne vystupujú Biele Karpaty. Predstavujú charakteristický súbor prírodných hodnôt, ktoré človek oddávna využíval. Vďaka citlivému spolužitiu človeka s prírodou v minulosti sa v území zachovala pestrá mozaika lesných spoločenstiev, druhovobohatých lúk, pasienkov, políčok a remízok, čo zvyšuje jeho druhovú diverzitu.

Západnú časť lemuje rieka Morava, ktorá zároveň tvorí prirodzenú hranicu s Rakúskom.

Milovníci prírody nájdu na Záhorí širokú sieť značných trás pre peších, ale aj pre cyklistov  a dostatok náučných chodníkov predstavujúcich najväčšie zaujímavosti regiónu.